A Lei 9.715/1998, em seu artigo 2o, inciso II, estabelecia a cobrança do PIS sobre a folha de pagamento para as entidades sem fins lucrativos. A MP no 2.158-35/2001, em seu art. 13, inc. IV, revogou o dispositivo da Lei no 9.715/1998, e manteve a imposição com nova redação, que onera de forma indevida essas instituições.

Ocorre que o Supremo Tribunal Federal declarou a inconstitucionalidade da cobrança do PIS incidente sobre a folha de pagamento das entidades sem fins lucrativos. Com isso, as instituições beneficentes sem fins lucrativos não podem tributadas e requerer a recuperação do que foi pago indevidamente nos últimos 5 anos.